Allen fue una estrella en la Universidad de Connecticut desde 1993 hasta 1996. En su temporada debut con los Huskies en la 1993-94, Allen firmó 12.6 puntos, incluido un 40.2 % en triples, y 4.6 rebotes de media. Allen finalizó su carrera en los Huskies como el tercer máximo anotador de su historia, con 1.922 puntos, y estableció un récord de 115 triples en una temporada (1995-96). Allen se convirtió en el primer jugador de UConn que fue nombrado con el reconocimiento All-America durante dos años consecutivos.
